供食用的部分称为藕，是莲藕的变态茎。茎先端为喙状物，是由鳞片包住，其中由顶芽、幼叶和侧芽组成，称为藕苫。嫩叶向上延伸，浮出水面，展开为荷叶，顶芽及副芽在泥中横向生长，称莲鞭。有的节位上还有分化出来的花芽。

莲鞭长到六至十余节后，随着荷叶的增加，所制造的碳水化合物相应增多， 加上来自根部吸收来的营养物质均流向顶端，顶端各节便膨大成为新藕。中间几节称为主藕，尾端一节称为藕梢。一般藕梢品质较次，早熟藕如延迟收获，藕梢常有干缩现象。

主藕的侧芽可长子藕，子藕的侧芽还可膨大成为孙藕。