两者各有特色。

电子信息工程专业是一门应用计算机等现代化技术进行电子信息控制和信息处理的学科，主要研究信息的获取与处理，电子设备与信息系统的设计、开发、应用和集成。电子信息工程专业主要是学习基本电路知识，并掌握用计算机等处理信息的方法。

自动化专业是以自动控制理论为主要理论基础，以电子技术、计算机信息技术、传感器与检测技术等为主要技术手段，对各种自动化装置和系统实施控制。该专业是将计算机硬件与软件结合、机械与电子结合、元件与系统结合、运行与制造结合、集控制科学、计算机技术、电子技术和机械工程为一体的综合性学科专业。