水手证考试科目可分为水手业务和实操两大部分，其中水手业务为理论知识考试，沿海无英语科目，远洋需要考试英语听力与会话；实操部分包括水手值班和水手工艺。

水手业务为理论知识考试包括航海基础，需要掌握航海基础知识，熟悉航海标志及气象条件，了解潮流对操舵影响等。

船舶结构与设备，即掌握船舶类型、熟知船舶及甲板设备名称与用途。水手值班，需要熟悉国际海上避碰规则，了解水手值班的职责及防污染内容。