酵母菌属于真菌，而醋酸菌属于细菌。它们的主要区别有：

1、酵母菌属于真核生物，有核膜包围的细胞核和各种具膜细胞器，而醋酸菌属于原核生物，没有核膜包围的细胞核，只有拟核，没有具膜细胞器；

2、酵母菌的细胞壁是由几丁质构成的，而醋酸菌的细胞壁是由肽聚糖构成的，两者成分不一样；

3、分裂方式不同，酵母菌进行有丝分裂，而醋酸菌进行二分裂；

4、生殖方式不同，酵母菌进行孢子生殖，而醋酸菌进行分裂生殖。