1、三峡水库会造成生态环境恶化，水力发电本身或许不会直接造成污染，修建大坝、利用水力发电，不仅有可能造成新的污染源，而且还会把一些可贵的、可再利用的资源变成濒危资源或使之灭绝；

2、三峡水库淤积构成严重威胁，三峡淤积的危害不是泥沙，而是砾卵石，原来年年排出夔门的砾卵石将排不出去，可能10年内就堵塞重庆港，并向上游逐年延伸，汛期淹没江津、合川一带；

3、三峡工程会使长江水域通航困难；

4、三峡工程会诱发各种地质灾害，三峡工程蓄水后，导致震源很浅的岩溶塌陷和库岸调整，