合作市地处青藏高原的东南端，甘、青、川三省交界处，东连卓尼县，南靠碌曲县，西接夏河县，北临临夏州和政、临夏县。国道213线和省道306线贯城而过，是内地通往青海、西藏的交通要道，距省会兰州226公里，是甘南藏族自治州州府所在地，也是全州政治、经济、文化、科技和金融中心。城区新版规划面积17、10平方公里，建成区面积8、68平方公里。辖区平均海拔2960米，年均气温1、7℃，无绝对无霜期。