港澳通行证中个人旅游与团队旅游的区别是出关和过关途径和手续不一样。港澳通行证是大陆居民去香港、澳门的专用证件，去香港需要香港的签注，去澳门需要澳门的签注，签注类型主要有团队旅游签和个人旅游签。不论是想参团到香港旅游或是自由行，前提要有港澳通行证及其有效签注，参团旅游或自由行，跟签注类型没有直接关系，这完全由个人决定。签注为团队旅游签的，可以直飞香港，个人旅游签的只能选择在深圳或珠海出关，不可直飞，但都可以从香港直飞回大陆国内城市。过关方式不同，在深圳各关口过关去香港时，团队旅游签通行证可自行过关，不会产生任何费用，个人旅游签通行证需要深圳的旅行社做团队旅游名单并由导游送过关，会有一个送关服务费,需要旅行社出示跟团名单，方可以自行前往香港或者澳门。