股权代持会影响新三板挂牌。
公司新三板挂牌重要的一个条件是：拟挂牌企业需要股权明晰，股票发行和转让行为合法合规。
而股权代持在日后极易发生利益纠纷和股权纠纷，因此，目前上市规则以及新三板挂牌规则中明确要求清理股权代持。
法律依据：
《公司法司法解释(三)》第二十五条第一款规定：
“有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。”
《合同法》第五十二条的具体规定为：
“有下情形之一的，合同无效：一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益;恶意串通、损害国家、集体或者第三人利益;以合法形式掩盖非法目的;损害社会公共利益;违反法律、行政法规的强制性规定。”
《公司法解释三》对于委托持股安排中易引发争议的投资权益归属、股东名册变更、股权处分等事项也进行了规定，这从侧面认可了委托持股本身的合法性。
