植物：有高等植物222科827属1805种，有黄山松、黄山杜鹃、天女花、木莲、红豆杉、南方铁杉等珍稀植物，首次在黄山发现或以黄山命名的植物有28种。其中属国家一类保护的有水杉，二类保护的有银杏等4种，三类保护的8种，有石斛等10个物种属濒临灭绝的物种，6种为中国特有种，尤以名茶“黄山毛峰”、名药“黄山灵芝”最为知名。

动物：有鱼类24种、两栖类21种、爬行类48种、鸟类176种、兽类54种。主要有红嘴相思鸟、棕噪鹛、白鹇、短尾猴、梅花鹿、野山羊、黑麂、苏门羚、云豹等珍禽异兽。