《寻秦记》的结局是项少龙没有回到现代，而是留在了古代。

在01版由古天乐主演的《寻秦记》中，最后的结局是十年后项少龙在塞外，已经娶了乌芳跟琴清。乌芳给项少龙生了个孩子取名项小龙，琴清也怀孕了。最后一幕是项小龙指着天上的飞鹰说自己要改名叫项羽，觉得项小龙这名不够霸气，项少龙知道历史里项羽的悲惨结局所以追着项小龙让他换个名字。

而在新版由陈翔主演的《寻秦记》中，跟原著小说和古天乐版的不同，不仅嫪毐没有出现，连乌庭芳都死了，最重要的是项少龙来到古代一点蝴蝶效应都没产生 ，剧情进程遵循了历史轨迹。新版却直接把乌庭芳写死了，最后陪项少龙归隐的只剩下星云，也就是琴清。

乌庭芳死后，项少龙与连晋就有借口正式决裂，最后项少龙杀死了连晋。项少龙带着琴清归隐山林，生下一个孩子宝儿，后来小季季找来，说他改名叫刘邦，宝儿也说自己改叫项羽！可是，项羽不是楚国的吗？在新版《寻秦记》中也没有交代清楚这个问题。