1、工作任务不同，中统的工作重心是监控国民党机关内部情况；打击一切国民党之外的党派；控制社会舆论和思想。军统主要任务是收集各类情报、对军队监视整治，对敌对势力逮捕暗杀。

2、所属机构不同，中统的是党中央的情报机构。军统的是直接属于国民党军队序列。

3、管辖领域不同，军统主要管辖军队、警宪以及各地的交通部门。中统主要管辖的就是国民党的党务问题以及全国各地的行政机关以及学校的党务问题，还有社会上的教化舆论。