46和90的最大公因数是2，算法为分别对两个数进行分解质因数：46=2×23，90=2×3×3×5，然后找到所有共有的部分，因为46和90共有的质因数只有2，所以46和90的最大公因数是2。

最大公因数一般指最大公约数。最大公因数，也称最大公约数、最大公因子，指两个或多个整数共有约数中最大的一个。a，b的最大公约数记为（a，b），同样的，a，b，c的最大公约数记为（a，b，c），多个整数的最大公约数也有同样的记号。